Les Établissements d’Enseignement Agricole relevant du CNEAP constituent la branche agricole de l’Enseignement Catholique. L’organisation de l’Enseignement Agricole Catholique s’intègre donc dans les structures de l’Enseignement Catholique. Le CNEAP est l’un des quatre organismes nationaux du Comité National de l’Enseignement  Catholique (CNEC).
L’organisme permanent d’exécution du Comité National est le Secrétaire Général de l’Enseignement Catholique (SGEC).

L'appartenance institutionnelle du CNEAP à l'enseignement catholique se traduit par la proximité ou la cohérence des textes statutaires qui organisent le CNEAP et ses établissements avec les textes correspondants dans l’enseignement général et technique catholique [voir les textes statutaires], et par la participation de représentants de tous les membres et responsables des communautés éducatives des établissements du CNEAP dans les structures ou instances générales de l’Enseignement catholique au niveau national, régional ou diocésain.